三門峽曾是夏商王朝統治的中心區域;西周屬虢國,秦置三川郡,西漢為河南府,漢武帝時置弘農郡,北魏置陜州后一直延續至明、清。
隨著舉世聞名的萬里黃河第一壩——三門峽大壩的建設,于1957年3月經國務院批準成立的省轄地級市。1962年改為縣級市,屬洛陽地區管轄;1986年1月又調整為地級市。
1986年1月18日,國務院批準,三門峽市升為地級市,原洛陽地區的澠池、陜縣、靈寶、盧氏4縣劃歸三門峽市管轄。義馬市由三門峽市代管。
1990年,全市共設93個居民委員會。1992年,為適應改革開放與經濟發展形勢,三門峽市內設經濟技術開發區管理委員會,駐地在陜州城遺址;開發區管委會下轄向陽、后川、南關、三里橋、韓莊等5個村民委員會。
1992年5月,報經國務院批準,靈寶縣撤縣設市。
2000年底,三門峽市共設76個鄉(鎮)、10個街道辦事處,1347個村民委員會、152個居民委員會,11204個村民小組。據第五次全國人口普查數據:三門峽市總人口2177428人;湖濱區288746人、澠池縣328947人、陜縣 343863人、盧氏縣356431人、義馬市136543人、靈寶市722890人。
2005年,鄉鎮區劃調整:11月4日,三門峽市召開深化和完善鄉鎮機構改革工作座談會,撤并鄉鎮和鄉鎮機構改革工作正式進入實質性階段。三門峽市全市原轄76個鄉鎮,根據省委、省政府關于撤并鄉鎮工作實施意見的精神,全市凈撤鄉鎮12個,改設街道辦事處2個,撤并后全市鄉鎮總數為62個。澠池縣:撤銷池底鄉并入陳村鄉,撤銷西村鄉并入果園鄉,撤銷篤忠鄉并入天池鎮,撤銷西陽鄉并入仰韶鄉。湖濱區:撤銷崖底鄉并入交口鄉,撤銷會興鎮并入磁鐘鄉。義馬市:撤銷千秋鎮、常村鎮,改設街道辦事處2個。陜縣撤銷大延洼鄉并入觀音堂鎮,撤銷柴洼鄉并入王家后鄉,撤銷東凡鄉并入菜園鄉,撤銷宜村鄉并入西張村鎮。靈寶市撤銷東村鄉并入寺河鄉,撤銷程村鄉并入陽平鎮。會議要求,撤并鄉鎮工作要在11月20日基本結束,鄉鎮機構改革工作要在12月20日基本結束。
截至2005年12月31日,三門峽市轄1個市轄區、3個縣,代管2個縣級市;全市共有12個街道(其中3個街道尚未向河南省備案)、27個鎮、35個鄉,117個居委會(其中1個由開發區管理,估計也未備案)、1362個村委會,11456個村民小組,總人口227.48萬。