商丘屬淮河流域，分屬洪澤湖、渦河、南四湖三大水系。境內流域面積在1000平方公里以上的骨干河流有渦河、惠濟河、沱河、黃河故道、澮河、大沙河等。河流大多呈西北東南流向，大致平行相間分布，多屬季節性雨源型。全市多年平均天然水資源總量22.84億立方米，平均每平方公里21.34萬立方米，人均水資源267.13立方米。