截至2011年底，商丘市已擁有或籌建國家級研發中心6家（國家面粉及制品質量監督檢驗中心、國家鋼卷尺質檢中心、國家制冷產品質量監督檢驗中心、國家碳纖維新材料研發中心、國家超硬材料研發中心、國家環保專用設備研發中心），國家級企業研發中心7家，省級企業研發中心20家，市級工程技術研究中心15家。“十一五”期間，商丘市實施國家、省、市級各類科技計劃項目729項，其中省級以上項目近200項。開展各類企業技術創新示范，先后創建國家級創新型企業1家、省級創新型企業2家、省級創新型試點企業1家、省級制造業信息化科技工程示范企業4家、省級節能減排科技創新示范企業6家。