牡丹雜交育種是指通過人工雜交，把分散于不同親系上的優良性狀組合到雜種中，對其后代進行多代培育選擇，獲得基因型純和或者接近純和的新品種的育種途徑。雜交育種包括自然雜交和人工雜交兩種方式。自然雜交又稱實生選種，我國90%以上的牡丹品種都是通過自然雜交選育的。人工雜交是有目的地選配親本，用人工授粉的方法獲得雜種后代，并從中培育新品種的方法。