風穴寺的由來故事有兩個版本，如下：

    一據民間傳說，唐初擴建寺院，院址初選龍山東南山下，待料物備齊，將要破土動工時，突然一陣大風將磚木石料一卷而起，到現在寺院上空，風停料落，因以“風”點穴，故名“風穴寺”。一是因風穴山得名，《風穴志略》載，龍山陽側有大小二風穴洞，洞深數十里，天變時，洞內出風，猛不可擋，故名風穴山，寺因山而取名“風穴寺”。但風是否從穴中出，又有不同的記載，據《河南通志》，“風穴山在州城東北二十里，上有穴，風將作，穴中先有聲……與諸山異。宋代吳幾復曾隱于此，舊有吳公洞、讀書庵、雅才亭，俱廢”。而據《夢溪筆談》，在宋時風穴已平，“汝南亦多大風，雖不及鹽南之厲，然亦甚于他處，不知緣何如此？或云：自城北風穴山中出。今所謂風穴者已夷矣，而汝南自若，了知非有穴也。方諺云，汝州風、許州蔥，其來素矣。”