唐宋以前的慈云寺發展史，文字資料不多，只能根據當時佛教發展的總趨勢及慈云寺周圍的重大歷史事件，結合碑文資料，簡作闡述。 東漢時期（碑文載漢明帝永平七年），摩騰、竺法蘭草修慈云寺。幽靜環境中，二僧結跏跌座。靜修悟禪，相互談經說法，商討譯經中存在的問題和宣揚佛法的辦法。并招收信徒宣揚佛教宗義；還斬除了寺院附近結網傷人的大妖蛛。

　　東漢末年。慈云寺以西的洛陽成為戰亂中心，鞏縣是洛陽的門戶，慈云寺附近的虎牢關、旋門關、小關、鞏密關、轅轅關等戰事頻繁，董卓毀滅洛陽后自巳也披刺，埋在慈云寺附近（今董陵村）。數百里內荒無人煙，慈云寺毀滅殆盡。 魏晉時期，建安二十五年曹丕在洛陽稱帝后。重新營造宮殿，魏明帝時，崇信佛教，在洛陽及縣周圍修建伽藍浮屠。西晉初期又在鞏洛一帶修建寺廟，慈云寺煙火又盛。但好景不常；“八王之亂”不僅禍及洛陽，慈云寺近處的關隘、小道，也爭戰頻紛。

　　北魏孝文帝、宣武帝、孝明帝及其母胡后皆崇佛，在洛陽龍門、鞏縣大力山下鑿窟、造像、修復寺院，洛陽內外有佛寺一千三百六十七處，慈云寺日趨興隆。少林寺也于此時建立起來。因二寺鄰近，慈云寺又系祖庭，僧眾來往頻繁，續焰排字，相互支持，因而至今慈云寺的古碑上仍記有“祖風是務，佛日增光，少林共祖，白馬同鄉”的銘語。北魏末年的“永熙之亂”，洛陽毀滅幾盡，史書記載；洛陽內外的宮寺民居，“存者什二三”，慈云寺位居深山，當時名士又多藏山區，可能僥幸存下來。 隋文帝楊堅與佛教有著不解之緣，他出生于尼姑庵，在庵中生活了十三年，在尼姑智仙撫育下。對佛教產生了非同一般的感情。統一天下后，詔告臣民“任聽出家”，并令各地按人口出錢建寺造像。家住鞏、偃交界處的官宦子弟陳袆（后來的唐三藏，法名玄奘）就隨其兄出家在鞏縣凈土寺（今石窟寺）。在隋煬帝遷都洛陽后舉辦的大型佛事活動--無遮大會上，經過挑選，“度男女一百二十人為僧尼”，唐三藏被選中后仍在凈土寺隨師誦經，學業大進。一直到他十九歲，瓦崗軍起義攻陷慈云寺附近的洛口侖，才與仲兄陳長捷奔洛陽，又到長安。此時的唐玄奘，對慈云寺已很了解，并十分敬慕，為他后來重修慈云寺奠定了基礎。 唐、宋時期是慈云寺最興盛時期。由于唐太宗、唐高宗、武則天等都重視佛教，尤其唐太宗貞觀十九年（645）唐玄奘自印度取經回來后，把佛教推向了高潮，唐太宗，唐高宗都為其寫了《圣教序》。唐三藏成了皇帝的座上客。唐三藏在洛陽期間，曾奉旨重修慈云寺。并親自到慈云寺“開演大法，廣度迷津”慈云寺名聲大振。一直到唐武宗“會昌滅佛”，香火才漸次冷落下來。

　　趙匡胤陳橋兵變建立大宋后，即在鞏縣選建皇陵。“昔宋祖因山而陵，遠取諸象，故葬于青龍山之陽”宋代佛、道并重，曾在宋陵內外建了許多寺院，如羅漢寺、定香寺、寧神寺、十方院、會圣宮等，請僧人頌經念佛，以超度和庇佑其先人，青龍山是其陵墓的重要龍脈，因而皇帝下令對慈云寺重新修裝，使其成為受國家保護的重要寺院。這與碑文中宋代“敕建”相符。金兵入侵，對宋陵大肆盜掘，陵區寺院受到不同程度的破壞。

　　元兵入主中原，元世祖忽必烈崇奉喇嘛教（中國佛教的一支），禪宗中的臨濟，曹洞二宗得到一定程度的發展。漢族大量逃逸，有的躲入寺院，“后顯大唐并宋帝，重修至正、至元年”、“至正年間宗主廣慧清辯大師續后重興”，可見慈云寺在元代的近百年中，元世祖忽必烈和元順帝曾兩次敕修，仍然燈燈相續，焚唄不斷。并于至正、至元（1355--1340）作了重修，至今存有兩方元代塔銘和部分石刻。元代對出家僧尼采取本寺住持及耆老等保舉、即給披度的政策在慈云寺保留了很長時間，現存碑文中屢有記載。

　　明朝是慈云寺的鼎盛時期。朱元璋十七歲出家于覺寺，建國開始就舉辦法會扶持佛教，以安定人心。朱元璋以后的明代諸帝大都對佛教采取扶持利用的態度。據慈云寺碑文載，大明正統九年（1455）二月，英宗朱祁鈺皇帝曾下令天下重修梵剎。在施主李普信與云水五德禪師等率領下當年就對慈云寺進行了重修，于“正統（l448）十一年成造”。第一次重修為后來的大修奠定了基礎。第二次由長沙太守之子、國家最高佛院北京大能仁寺國師弘善妙智的高徒覺順（號南宗）從北京尋訪祖庭于此，經過籌措，進行了一次大修，在朝廷和河南府的支持下。此次大修所籌資金甚巨。幾乎牽涉到河南府各州、縣、衛，鞏縣的各個村落，全國的十個省府。從明代宗景泰六年秋（1455）至明英宗天順二年夏（1458）。歷時三年多。奠定了慈云寺的基礎和規模。

　　第三次由主持僧德安于明孝宗弘治庚（壬）子（1492）至明武宗正德二年（1507）進行重修，又增建了伽藍殿、祖師殿、兩角門、鐘樓、方丈、廚庫、客舍、僧房和寺周圍墻。

　　第四次重修由寺中主持道科、道增、道悟、道重等四人與歸鄉耆老杜德仁、趙景春、楊景等負責。全面重修的基礎上，又增建了金剛殿、閏羅殿、官亭、齋廚。此次修建時間在明世宗嘉靖四十二年（1563）之前。

　　第五次修建也在嘉靖中興時期，由主持道科發動全寺僧眾十方募化，在寺后峰巒上始建地藏十王殿，“棟宇隆起，神像煥赫，凡登游瞻拜者，莫不以為此寺之奇觀也。”

　　第六次重修于明神宗萬歷六年四月（1578）至萬歷九年（1581）十月，因寺內經常出事，以為風水有礙，將地藏十王殿拆除改建在天王殿東之隙地上。

　　第七次由僧人永隨率領，于萬歷三十九年（1611）重修千佛大殿。

　　第八次由施主郝小泉及侄郝石重出資，于萬歷四十七年（1611）重修齋堂五間。

　　第九次由僧人遠逢、永修、福田于崇禎四年（1631）對水陸殿之三十六軸神像作了彩繪。

　　第十次由主持僧遠逢于崇禎十年（1637年）創建白衣閣。東西房、格扇門、木梯，修建臺階三十六級，石欄桿廿八根，月臺。

　　慈云寺自正統九年（1444）至崇禎十年（1637）的192年中，經過大小無數次的創建、增建、重修，已達到“遠公之廬山。達摩之少林，未逾此也。”

　　崇禎六年。（1633）年，李自成及當地起義軍萬余人“潛避”慈云寺及其屬區內，“營踏遍野，飛鳥難入其中。樹木僧房燒毀一空，甚至人馬作穢。糞有尺余，其殘破景象大不堪觀矣！”

　　清代是佛道衰落期，但在官、僧、俗的努力下，順治至乾隆時，又進行了十多次修補。其中以乾隆四十八（1783）年動工時間延續達十多年，工程較大。光緒三十一年（1905）在黑石關建高級小學，附設建成師范科，提慈云寺資產（香火地七頃）作為經費（此校后改為蠶桑中學、縣立中學等）。但寺院尚有一定資產。佛寺香火一直延續到清末。其中最有意思的是第一次修補與最后一塊塔銘。第一次是大清立國后的第一個年頭，（順治三年1646年），按院承差李胤蘭招募慈云寺僧人時，正殿前面忽然傾倒，后由僧眾捐錢若干買草數十擔對大殿進行了補茸，“不數日而成焉。”就在紀念這一次《草修正殿記》中，卻對慈去寺自東漢至明末的發展作了一次全面總結。最后一塊宣統元年（l909）的“上自下彥和尚塔銘”，通過一個歸俗和尚牛護蘭之筆，將慈云寺畫上了最后一個句號。銘文所記“光緒丙午（1906），朝廷變法。寺產歸學堂十分之七，并迫身歸俗。遺師獨苦，口異常在，光緒戊申（1980）乃圓寂焉。身廑為殮殯并泐緒石，以志半僧師徒之情，云是為序。”其情至深，其意極明，不僅是慈云寺夕照中的最后一筆，恐怕也是整個中國佛教的最終總結。

    傳說牛護蘭之后，慈云寺還有一個叫了太的僧人，民國初年去十方院存身。從此，慈云寺漸趨荒蕪。民國十七年（1939）提倡破除迷信，寺中許多佛像被搗毀；民國二十年（1931）以后，原由歸黑石關蠶桑學校的慈云寺廟產權交歸新心中學。民國二十三年（1934）。國民黨鞏縣縣政府下令拆寺建學，寺院殿堂的磚瓦木料被拆運至北山口建新心中學用，尤為可惜的是，寺中一棵與慈云寺同年的、大有十圈、遮蔭數畝的大白果樹，也被伐掉，運往北官莊學校，建了一座三層高每層八間的教學樓。使這棵華北之最從此泯滅。（原標題：慈云寺的發展史）