漢獻帝初平二年(191)秋,袁紹派曹操進入東郡(今濮陽),駐兵頓丘(治今清豐縣西南),并任命曹操為東郡太守。在連續擊敗向東郡進發的兩支農民起義軍后,曹操的勢力更加強大,自稱兗州牧。爾后,又擊敗公孫瓚、袁術,并征討徐州陶謙。這時,曹軍留守張邈、呂布反叛,攻占兗州,占領濮陽。曹操不得不撤兵平叛。
興平元年(194)八月,曹操進攻濮陽,呂布出兵迎戰:曹操出師不利被擊敗。此后幾次交鋒均都遭到挫敗。濮陽城中有大戶田氏向曹操詐降,曹操不知是計,進入濮陽城,結果被圍。在北門,呂布引兵沖殺過來,迎面碰見曹操,卻不認得他,問道:“曹操何在? ”曹操連忙回答:“騎黃馬者是也。”以此免于被俘,被大將典韋從東門救走。爾后,曹操將計就計,詐稱身亡,全軍掛孝發喪,四周埋有伏兵。呂布果然中計被圍,死傷甚眾,只得逃回濮陽城中。這一年秋天,蝗災突起,糧餉斷絕,百姓相食,雙方只好罷兵。
興平二年春,曹操重振旗鼓,收復兗州,接著攻克定陶、巨野,直奔濮陽而來。呂布出城迎戰,曹操大將許褚、典韋、李典、樂進等六人共戰呂布。呂布被打敗,欲退回城中。不料田氏恨呂布暴虐而投降曹操,大門被關閉。呂布只好向東南逃去,投靠劉備。曹操盡占兗州東郡后被朝廷正式任命為兗州牧。
建安元年(196),漢獻帝由長安回到洛陽,曹操乘機將其遷都于許昌。從此,曹操在軍事上取得了“挾天子而令諸侯”的政治優勢,成為三國時期政治形勢的一個重要的轉折點。