開化黨既發動政變，洪英植等入宮脅王移居別宮，并請日兵入宮護衛。國王、閔妃等被禁閉于景祜宮，老臣閔臺鎬、趙寧夏、閔詠穆等悉遭殺害，親日派大權在握。這時袁世凱主張勒兵勤王，吳兆有主張先請示北洋大臣，袁認為緩不濟急，乃分兵進援。袁為中路，吳張分左右翼，從王宮敦化門入，日兵曾據王宮狙擊，終被袁兵攻入。這時洪、樸等劫韓王逃北門關帝廟，袁遣茅延年迎王入清營。洪英植等再三阻止，吳張二將亦趕至，韓王遂被清軍迎入下都監清國兵營。袁往謁，王泣訴洪、樸等逼其更衣赴日本，恰遇清軍攻入王宮始獲免，但仍為洪、樸等劫掠，若非清兵來救，真不知下落何方。一邊說一邊流淚，情辭哀切。日使知事已敗露，乃自殺焚于使館，率兵出小西門前往仁川。親日派斷發變服，逃往日本。

    由于韓王在清營中，袁世凱遂代主持內政、外交、軍事，后來韓王回宮，亦邀請袁入宮護衛，居住偏殿，和國王僅隔一墻，朝夕晤對。這時袁只是一個26歲的青年。韓大臣每日必會袁議事，聽其指揮。不久傳說日軍大集仁川，袁乃和吳兆有、張光前商議，分兵扼守漢江和護衛王宮。

    在這個回合中，清朝和日本在朝鮮的競爭，由于袁世凱的果決，而占了上風。

    日本對朝鮮是處心積慮已久，而清朝對朝鮮的政策則是搖擺不定，所以袁世凱雖在甲申事變中占了上風，但并不能徹底解決問題。國際問題要講力量，當日本在朝鮮屈居下風以后，它便積極布置，陸續增兵，同時向清朝政府提出抗議，指責袁世凱妄啟釁端，應負甲申事件的責任。在這時候，清廷因中法爭端尚未解決，不擬和日本再生麻煩，且以袁世凱官卑職小，此次在朝鮮鬧出的事情，事先并未稟報朝廷，所以對袁并不太諒解，日本政府向清廷提出抗議后，清廷乃派吳大澂、續昌為特使到朝鮮來調查。吳大澂認為袁輕啟釁端，所以還沒有啟程就打算把責任完全諉諸袁世凱，并向日本謝罪。

    光緒十年（1884年）十一月三日吳、續兩大臣抵朝鮮。十七日晉謁朝鮮王，轉達清廷意旨，由于中法失和，清廷不擬和日本緊張，所以勸朝鮮忍耐。同時吳、續兩大臣并命令袁世凱把駐守王宮的軍隊悉數調回本營。日本見清廷軟化，態度更趨強硬，得寸進尺。日本公使井上馨率日兵千余進駐西門外京畿道，另帶衛隊200人入宮，日韓洽商議和，日方提出五條苛刻條件，但朝鮮對外事務屬于清朝政府，所以日韓的談判轉變成中日談判，談判地點亦轉至中國天津。

    中日談判朝鮮事件于光緒十一年（1885年）正月十八日舉行，清朝首席代表是李鴻章，代表是吳大澂和續昌，日本全權代表是宮內大臣伊藤博文、農商大臣西御從道。談判從二月十七日開始，至三月四日結束，議定條款三項:（一）四個月內中日盡撤駐韓軍隊；（二）中日兩國均無庸派員教練韓兵；（三）遇有重大事件，中日兩國派兵赴韓，應先互相照會。

    從這次條約中可以看出日本已取得和清朝在朝鮮的同等地位。

    《江華條約》使朝鮮自認非中國屬國；《天津條約》則使清廷自認朝鮮不是中國的屬國，同時日本因此取得和中國同等地位，當時官吏的愚蠢，真是痛心之至。

    袁世凱變成了這次事件的罪魁，大家都把責任推到他的身上，他看到朝鮮局勢的任人宰割，非常痛心。原來他在朝鮮期間，曾多次上書給北洋大臣（朝鮮事務屬清北洋大臣管轄），他認為朝鮮終必有大亂，韓王庸懦無能，所以建議朝廷選派一個監國代朝鮮王執掌政柄。這時的北洋大臣是李鴻章，他雖然同意袁的意見，可是他正苦惱于中法和議未定，怕在朝鮮出亂子，所以把袁的建議擱置。袁世凱繼續上書痛切陳言，但仍未見采納。

    這時剛巧遇到袁的嗣母牛氏生病，袁乃要求請假回籍，所以他便和來韓查案的吳、續兩大臣一同返國。這是光緒十年（1884年）十二月的事。他在天津謁見李鴻章，再把他的建議上達，李仍不接受，他只好要求請假兩個月，返回陳州府了。

    清廷既然把自己對朝鮮的宗主國地位分了一半給日本，這與袁世凱企圖更深一步控制朝鮮的計劃完全背道而馳，其實朝鮮仍然把中國當作宗主國。當時朝鮮想增兵三營，要求北洋大臣仍派袁世凱前往練兵，可是清廷既已與日本簽了條約，所以自然不會同意，而袁世凱這時則已回家鄉休假了。

    最可笑的，是清廷對朝鮮的統馭既沒有原則，又沒有目標。舉例來說，在朝鮮壬午年以前，親華派是大院君李昰應，而親日派是閔妃和她的家族，可是吳長慶率兵到朝鮮來時，竟助閔妃平亂，誘縛大院君至保定拘押。甲申年中日在朝鮮互爭雄長，這時閔氏一家都是親華派了，照理清廷就該全力支持閔氏，可是清廷的軍機大臣和總理各國事務衙門卻又主張釋放大院君回韓。大院君被清廷押禁了許多年，內心當然仇恨清室，閔妃和大院君是仇人，這時見清廷又要送大院君回韓，自然也對清廷失望。

    光緒十一年（1885年）夏天，清軍由朝鮮撤退回國后駐戍旅順，這時北洋大臣正計劃護送大院君回韓的方法，因怕閔妃一系的韓人抗拒，當時定計遣水軍提督丁汝昌和總兵黃金志、王永勝、張紹華、黃建筦等率領水陸兩軍押送。但是外間流言甚多，認為清軍變相返韓，日本也以此質詢清廷。李鴻章深感焦灼，乃決心召袁世凱至津，準備令袁負責押送。袁至天津，李鴻章口授方略，指派為護送專使。八月十二日清政府正式宣布釋放大院君李昰應，并遣送回國。十九日袁世凱和大院君由大沽上船，分乘兵船兩艘，鼓輪東駛，過煙臺、旅順，廿五日抵達朝鮮的仁川。

    在朝鮮方面，閔妃這一派對于清廷送大院君返韓一事極為不滿，閔妃竟逼使韓王拒派官吏前往迎接。袁世凱上岸后下榻中國行館，同時分別照會各國兵船和領事，往復酬應，一面指責朝鮮政府無禮，竟不前來歡迎。第二天，朝鮮才派官吏和內侍來侍候。廿七日，袁世凱和大院君抵達韓京，韓王設幕南門，親自迎接，于是大院君回韓的任務袁世凱總算完成了。

    這時，在朝鮮又有新的醞釀，那不是日本而是俄國。俄駐韓公使威巴在袁世凱抵韓的先一日前往韓京，商談條約要求陸路通商，同時以俄人來訓練韓兵，保護韓國。替俄韓牽線的是總稅務司穆麟德。穆麟德是德國人，但系清朝北洋大臣派遣來韓的，因其善弄權術，所以李鴻章撤去其職務，改以美國人墨賢理繼任。穆挾恨投效閔妃，自稱有拒大院君之策，并拉攏帝俄介入韓事。閔妃派穆在典圜局工作，月薪300元，可以自由出入宮廷。袁抵韓后洞悉其情，立即壓迫韓王遣走穆麟德，俄韓的勾結遂告中斷。袁世凱后來回天津復命時，李鴻章對于袁的應變之才大為賞識，袁之獲李特別提拔，便是由此開始的。袁無形中也變成李對朝鮮問題的王牌了。這時北洋大臣奉到上諭:“慶軍駐韓四載，前年亂黨滋事，鎮撫一切，因應機宜，尚稱妥善，著擇優保獎”。恰清廷駐韓商務委員陳樹棠，稱病請假，李鴻章乃奏請袁世凱以道員升用，賞加三品銜，由總理各國事務衙門加委袁世凱為駐朝鮮交涉通商事宜。袁奉委后，乃于光緒十一年（1885年）十月初七啟程再度赴韓就任新職。