宋天下“如人有重病，內自心腹，外達四肢，無一毛一發不受病者”，提出“輔翼太子，選任大臣，振舉綱紀，變化風俗，愛養民力，修明軍政”六策。朱熹進言殷切,觸及當政權臣的利益,受到他們彈劾為“假道學”，被貶任西京嵩山崇福宮的閑職。

    淳熙十六年十一月，南宋朝廷為了拉攏人心,詔命朱熹為漳州知府。紹熙元年(1190)四月，朱熹抵漳州上任。據《福建通志》載：當時的漳州社會也較混亂，出現官豪交結，謀敲財物，恃強凌弱，欺壓善良，奸盜訟斗，好佛嬉頑的現象。朱熹到任后，教化厲治，嚴整弊俗，把“篤意學校，力倡儒學，”作為改變漳郡“俗未知禮”的方略。為辦好學校，朱熹請漳邑名士，“入學為師表率。”朱熹自己則定期赴校視事講學，“每五日一詣學，為諸生講說；”“每旬二日必領學官下州學，六日下縣學。”漳州學風為之一新。同時，朱熹還“奏除屬縣無名之賦七百萬，減輕總制錢四百萬。以習俗未知禮，采古喪葬嫁娶之儀，揭以示之，命父老解說，以教子弟。土俗崇信釋氏，男女聚僧廬為傅經會，女不嫁者為庵舍以居，熹悉禁之。”（《宋史—朱熹傳》）因此，漳州郡民由“好佛”而“崇儒”，由“嬉頑”而“習禮”，社俗民風趨向嚴整。紹熙二年四月末，朱熹離任返建陽時，漳郡父老于“芝山之陽，建朱子祠，”祀頌朱熹德政。朱熹離開漳州后先居建陽，又移居考亭，建竹林精舍(后更名滄洲精舍，即由理宗御書的“考亭書院”)聚徒講學。

    紹熙五年，朱熹出任湖南安撫使時再次到潭州（今長沙）。他重整岳麓書院，聘請黎貴臣等名流為教師，貫徹他的教學思想，把《白鹿洞書院揭示》頒布于岳麓書院，并擇地重建書院。置學田50頃，向皇帝乞賜九經御書，安排齋舍、招生、幾案、床榻等。岳麓書院在朱熹的整頓下日益興盛，求學者日益增多。

    慶元元年(1195)寧宗即位后，任命朱熹復為侍講(皇帝的老師)。韓侂胄自以為擁立寧宗有功把持朝政，擅權弄國。朱熹上疏寧宗，斥責韓侂胄一黨擅權誤國。寧宗袒護韓侂胄，在朱熹的奏章上御批：“憫卿耆艾，恐難立講，已除卿宮觀。”朱熹任侍講僅46天，就被罷免。不久，韓侂胄誣逐趙汝愚后為相，更是大權獨攬。韓侂胄一黨大力排斥道學，慶元二年監察御史沈繼祖誣造十大罪狀，彈劾朱熹。慶元五年，朱熹年老獲準辭職。他遷居福建崇安縣五夫鎮紫陽樓著書，講學。“自熹去國，侂胄勢益張。”朝野之間，掀起了一股反“偽學”的逆風。太常少卿胡纮為首上書朝廷，說：“比年偽學猖獗，圖為不軌，望宣諭大臣，權住進擬。”“右諫議大夫姚愈論道學權臣結為死黨，窺伺神器。乃命直學士院高文虎草詔諭天下，于是攻偽日急，選人余嘉至上書乞斬熹。”（《宋史—朱熹傳》）朱熹學派的官員都受到打擊，或流放或坐牢，歷史上稱之為“慶元黨禍”。

    朱熹自進士登第入仕以來，前后50多年，為官僅9年，在朝46天，其余時間都是講學傳道，著書立說。朱熹所建立的理學思想體系與“二程”的河洛理學概念比較接近，因此有“程朱理學”之并稱（也有學者認為是程頤與朱熹的合稱）。但是，朱熹所建立的理學思想體系是在對周敦頤的“太極”說、邵雍的象數學、張載的氣化論乃至程顥的心性論做了綜合性的吸收的基礎之上，集諸家之成就，確立自己的理學思想體系的。朱熹認為“理”是生物之“本”，而“氣”是生物之“具”。因此，他的哲學又被學者們稱作是理本論。在朱熹看來，“理”與“氣”是完全統一的，而且貫穿于“天地鬼神之變”、“人倫日用之常”乃至“鳥獸草木之宜”等所有存在當中。“變”、“常”和“宜”所表現出來的都是自然變化中的一種生命目的，這就是“太極”之理，即生理。這與孟子的“天地以生物為心，而所生之物，因各得夫天地生物之心以為心，所以人皆有不忍人之心也”是不謀而合的。在理氣關系問題上，朱熹強調理是本、是體；氣是末，是用。“事物又為體，而其理之發見者為之用。”（《朱文公文集—答呂子約》）這樣，陰陽之氣成為造化之本，而理只能依附于氣而發生作用。所以朱熹認為一方面人作為氣化產生的形而下的存在，有身體、情感、欲望、知覺等等復雜的內容；另一方面，作為存在之本、價值之源的“性理”，同時是人的最本質存在，也是人生的最高目的、價值。這樣就確立了朱熹的儒學心性論的道德的形而上學的理論基礎。在朱熹所確立的心性論同樣是以性為形而上的本質存在，以心為形而下者，二者是橫向攝取的認知關系。朱熹認為“性即理”。“性”內在于人就是人的心之本體，而“本心”就是人的本體存在，是超越的、絕對的普遍人性，是道德主體自律原則的內在依據。他主張人心必須絕對地服從于道心，強調道德理性的主導作用；既以“存天理，滅人欲”，完成道德自我的回歸。

    慶元六年（1200）農歷三月，朱熹逝世。嘉定二年（1209年），宋寧宗謚封朱熹為“文公”；寶慶三年（122