從植物學的發展來說，可以劃分為若干階段，從整體上看，其途徑主要是由實用向純科學方面發展。第一階段即實用階段，其歷史較長，可以說從上古直到明清之際部屬于這一階段。植物學知識主要見于歷代本草學著作、農學、園藝及疏菜等著作中。隨著人們對各種植物的認識愈來愈深刻，到明清時期已開始向第二階段即科學研究的方向發展。吳其濬《植物名實圖考》的出現，正標志著這一重要階段的開始，即從本草學的附庸，逐步走向獨立的階段，因而它在中國植物學史上占有重要地位。
　　
    刻的版本有清光緒六年(1880)山西浚文書局版本，l915年云南圖書館重印本，l9l9年山西官書局重印本，l919年商務印書館鉛印本，l957年商務印書館校勘本和1963年中華書局重印本等。
　　
    《植物名實圖考》的問世，推動了植物學、本草學的研究和發展。學術界對此書作了高度評價。德國人E．畢施奈德(Brelschneider)在所著《中國植物學評論》(1870)中說其附圖“刻繪極為精審”，“其精確者往可以鑒定科和目”，有些還可以鑒定到“種”。“歐美植物學者研究中國植物學必須一讀《植物名實圖考》”。所以畢施奈德還選了其中蜀黍、梁、薯預、苘麻、商陸、佛手柑、鐵果樹、椰子等8幅圖重雕，用連史紙拓印，附在《中國植物學文獻評論》一書末。并參照新鮮植株將根、莖、葉、花、果描繪出來，使人清楚地觀察出該植物的形態特點。日本在明治維新以后，雖然提倡學習西方科學，但對具有科學價值的《植物名實圖考》，仍然十分重視。明治十七年(1884)，日本初次重刻，伊藤圭介評論為“辨論精博，綜古今眾說，析異同，糾紕繆，皆鑿鑿有據。圖寫亦甚備，至其疑似難辨者，尤極詳細精密”。以后日人松村任三編著《植物名匯》和牧野太郎著《日本植物圖鑒》時，多數植物的中名是以《植物名實圖考》一書為依據的。l9l9年商務印書館在鉛印《植物名實圖考》時，西歐學者競相爭購。美國B．勞弗(Laufer，)、F．D．米瑞(Merrill)和E．H．沃克(Walker)等人的著作對《植物名實圖考》也有所援用和推重。世界上許多國家圖書館收藏此書。以上足以說明《植物名實圖考》對世界學術界的影響。在國內，不但為藥用植物、生藥學研究打下了基礎，對中國植物分類學的研究也有重要意義，許多現代植物分類學者考慮植物中名時，往往要參考它。如植物學家裴鑒、周太炎編著《中國藥用植物志》時，引用了《植物名實圖考》中的植物70多種。除根據該書的附圖鑒別一些植物的科屬乃至種名外，不少植物的中文定名也是以此書為依據的。現在我國植物分類研究中，以《植物名實圖考》中名稱為科名、屬名的很多，如八角楓科(A1angiaceae)、水龍骨科(PolyPodiaceae)、金蓮花科(Tropaeo1aceae)、瓶爾小草科(Ophioglo ssaceae)、粟米草科(Mo11uginaceae)、大血藤科(Sargentodoxaceae)，以及千張紙屬(Orozylonvent.)、馬甲子屬(Paliurus Mill)、畫眉草(Eragrostisbeauv)、山梅花屬(Philadelphus L.)、小二仙草屬(Haloragis forst)、千日紅屬(Qomphrena L.)等等。
　　
   《植物名實圖考》也存在一些缺點和不足之處。由于受時代條件限制，吳其濬的思想沒有脫離封建士大夫階層的范疇，反映在他的著作中，在描述植物形態、性味、用途時，往往加入一些陳腐議論，借題發揮他的政治見解以及修身處事的道理，這些又與植物本身毫無關系。對有些植物的認識也有錯誤，如把衛矛科的雷公藤誤認為木蘭科植物的莽草；將蓼科的虎丈誤認為毛莨科的黃藥子。又有的為一種植物而他卻將之分為兩類；甚至名稱相同的條目前后重復。雖然據本書的大部分圖可以鑒定植物，但也有一部分圖轉繪自《證類本草》、《救荒本草》及《本草綱目》等書，都未加考證。在植物種類上，也有一些常見的植物種類如竹葉、翹根、屈草、蘋果未收錄入書。這為當時科學水平所限，以及作者早逝而由不懂植物學的人進行校刊有關。然瑕不掩瑜，吳其濬的《植物名實圖考》在植物學上所取得的成就仍是主要的，它是一部具有世界影響的專著。
　　
    2.在礦物學上的成就
　　
    除植物學方面的貢獻外，吳其濬還對礦產進行了深入的調查和研究，并著有采礦方面的專著《滇南礦廠圖略》。此書由他編纂，徐金生(東川府知府)繪輯。根據嚴中平《清代云南銅政考》序推測，此書成書于道光二十四至二十五年(1844—1845)間。主要介紹云南東川銅礦和其他礦產的一部著作。全書分上、下卷。上卷為《云南礦廠工器圖略》。包括工器圖20幅、次滇礦圖略、下引第一、硐第二、硐之器第三、礦第四、爐第五、爐之器第六、罩第七、用第八等。書后附宋應星《天工開物》(節錄五金第十四卷)、王崧《礦廠采煉篇》、倪慎樞《采銅煉鋼記》、《銅政全書•咨詢各廠對》。下卷名《滇南礦廠輿程圖略》，有全省圖l幅，以及府、州廳圖21幅，下為滇礦圖略，其下再分各種礦產、運輸等。
　　
    記述云南礦廠的書，比吳其濬早的有成書于嘉慶四年(1799)由檀萃撰著的《滇海虞衡志•金石篇》和不知成書年代和撰著人的《銅政便覽》八卷。在《滇南礦廠圖略》成書l00年之后，又有1948年嚴中平著的《云南銅政考》和l948年周鐘岳總纂的《新修云南通志稿》。檀萃和周鐘岳的著作僅記載銅礦。檀萃雖涉及其他礦種，但較簡略。《新修云南通志稿》中礦產、礦物兩類所記學名，與當時當地稱謂不盡符合。所以詳細記載清康熙至道光朝云南銅、銀、金、錫、鉛、鐵等礦產的產地、產狀、找礦、采礦、洗選以及開鑿窿道所用的工具，礦井中的主要設備等，以吳其濬的《滇南礦廠圖略》最全面。當然是以介紹銅礦為主。吳其濬在《滇南礦廠圖略》中詳細記錄了云南銅礦的分布、銅礦床的情況和找礦、采礦技術。
　　
    關于銅礦的分布 從易門縣的萬寶廠到元江縣的青龍廠，共33個廠。其中以湯丹、碌碌、寧臺3個銅廠最大，產量又高。湯丹廠自明代開采，乾隆初產銅最多。有九龍箐廠、觀音山廠、聚寶山廠等子廠。現在我國正在開采的六大銅礦山之一的云南東川銅礦，就仍以湯丹老窿為中心，進行深井開采。碌碌銅廠，在會澤縣西，距郡160里，一名落雪山，亦屬東川知府管轄。舊屬四川，雍正四年(1726)改屬云南時開采。有龍寶山廠、興隆廠、多寶廠等廠子。
　　
    湯丹廠與碌碌廠的銅，當時都是運送北京的。寧臺廠，在順寧東北520里，初為小廠，繼獲小泄廠、蘆塘廠，發脈于永昌府的寶臺山，產礦豐富，仍稱寧臺廠。上述湯丹、碌碌、寧臺3個銅廠，在乾隆年間(1736—1795)所規定的年產額，都在l00萬斤以上，為當時其他各廠所不及。云南不僅產銅，也產銀、金、錫、鉛、鐵等礦產。云南金銀礦的開采，多數在乾隆四年(1739)以后，少數礦廠是開采銅礦時發現金、銀而附帶開采的。這些在其他書中不載或很簡略，而《滇南礦廠圖略》卻作了詳細記錄，所記載的有金廠四、錫廠一、鉛廠四、銀廠二十五等。
　　
    關于銅礦床的性狀 《滇南礦廠圖略》記載的滇銅。屬“康滇