百泉始鑿于殷商，經歷代修建，成為河南省最古老、保存最完整的古園林建筑群。山水相依，風景秀美，素有“中州頤和園，北國小西湖”之稱。百泉北牽群山，南吐清泉，百眼跳珠，匯泉成川，緩緩南流，遂成衛河之源，古人把自然的恩賜歸于神佑，隋大業年間（公元605年）修廟一座，敬祀神靈。到明洪武八年，百泉藥交會得到官方支持，逐漸成型。
   
    廟成始祭，人多成會，定于四月初八，時太行山及山西一帶，盛產藥材，有“中藥寶庫”之譽。百泉地處中原，位于交通要塞，“東接齊魯，西控三晉”，廟會便成了藥材互貨的場所。“明洪武八年，御祭於四月朔八日，令起大會。”從此得官方支持，百泉藥交會正式興起，1718年，藥商捐幣在蘇門山下修建了藥王廟，供奉藥王三真人，即神農氏、長桑君、孫思邈，大會規模更甚，據藥志記，歷史上國內同南禹北祁齊名，國外同英國的威斯他州、斯探索立奇類同。
   
    清道光《輝縣志》載“四月八日，祭衛源神廟，四方貿易者皆列，南北藥材，聚十余日始散。”每當細柳搖青季節，從長白山麓到珠江河畔，從天山腳下到東海之濱，各路藥商，不遠千里，云集百泉。互貨客商與趁會游覽者絡繹不絕。湖畔兩岸，人如潮涌，其商品之屯集，游人之攢動，市房之櫛比，帳幕之鱗接，飄搖之市招，喧鬧之市聲，熱鬧非凡。國內藥界一位資深人士感慨地說：從古到今，百泉藥都為人類健康和社會發展作出了不可估量的貢獻。
   
     新中國建立后，百泉藥交會受到黨和政府的高度重視。國家中醫藥管理局、國家計委、衛生部、商業部、國家工商局、物價局等六部委，將百泉藥交會確定為全國三大藥交會和十大藥市之一。國家、省、市有關部門和領導多次視察百泉藥交會。時任河南省委書記的中央政治局常委李長春，多次對百泉藥交會進行批示，指出：“要把百泉藥材市場辦成全國最具吸引力的市場”，并視察了1991年百泉藥交會。2008年，百泉藥交會被國務院列入國家級非物質文化遺產目錄，她是一種不可替代的文化傳承。
   
    據1931年統計，參加百泉藥材大會的有河南、河北、山東、山西、北京、安徽6省市42縣623家鋪戶，經營有南貨，即四川、云南、貴州、湖廣等地所產藥材；山貨，即河南、山西、太行山區所產的藥材；以及懷慶府所產的地黃、牛膝、菊花、山藥“四大懷藥”等，計約200余種。風景秀麗的百泉，更引來各地人士趁大會期間來此旅游，會期人數最多時竟達10萬之眾，故而形成“春暖花開到百泉，不到百泉藥不全”之說。