天啟四年，權奸魏忠賢為籠絡人心，授馮從吾以南京右都御史、工部尚書等職召用，馮堅辭不就。馮從吾以講學抗爭，魏閹更加記恨。天啟五年(1625)秋，魏忠賢黨羽張訥上疏詆毀馮從吾，請廢天下講壇，先生被削籍。熹宗在魏忠賢操縱下，下令毀天下書院，大肆屠殺東林黨人。馮從吾的同鄉、吏部尚書王紹徽曾仿《水滸》故事，編東林黨108人為《點將錄》，獻給魏忠賢，馮從吾亦被列入其內。是時，魏忠賢的黨羽喬應甲巡撫陜西，為向其主子諂媚邀功，搗毀了關中書院。馮從吾為此痛之切膚，咯血病榻，含恨而卒，終年71歲。

　　馮從吾死后，學者深為痛悼，集資在長安西門外修建了少墟書院，為他建祠、立碑、造像，以示敬仰。并刊印了他的文集以示紀念。

　　 崇禎二年(1629)，毅宗降旨為馮從吾昭雪復官，追贈太子太保，贈一品文官誥，謚恭定，《附品題要言》曰：“不懈為德曰恭，守禮執義曰定。”還先生以客觀公正的評價。（孟昭德）【原標題：關中大儒馮從吾的洛學情結】