建武五年(29年)春，農(nóng)民軍率五萬余人夜攻吳漢軍營，軍中驚亂，吳漢卻堅臥不動，一會兒營中便安靜下來。吳漢即夜發(fā)精兵出營突擊，大破其軍。然后追討余黨，直至無鹽，進擊勃海，皆平之。接著，又征董憲，圍朐城。建武六年春，攻克朐城，斬董憲。至此，東方平定，吳漢引兵還京。

　　同年夏，隗囂叛亂，朝廷又命吳漢屯兵長安。

　　建武八年(32年)，吳漢隨光武帝攻隴，于西城圍困了隗囂。光武帝對吳漢說：“諸郡甲卒但坐費糧食，若有逃亡，則沮敗觽心，宜悉罷之”(《后漢書·吳漢列傳》)。但吳漢等到人貪功心切，全力進攻，到期后來糧食日少，將士疲役，逃亡者多，等到公孫述來救，漢軍遂敗。

　　建武十一年(35年)春，吳漢和征南大將軍岑彭等征討割據(jù)蜀地的公孫述。岑彭破荊門，長驅入江關，捷報頻傳，吳漢留守夷陵，裝露橈船。但岑彭卻被被暗殺。朝廷命令吳漢并將其軍。建武十二年(36年)春，吳漢在魚涪津(今四川省樂山市北)大敗蜀將魏黨、公孫永，進圍武陽(今四川省彭山縣東)。公孫述派其女婿史興率軍往救，被全部殲滅。漢兵乘勝，進入犍為。屬縣都閉城自守，不敢阻擋兵鋒。于是吳漢揮師直攻廣都(今成都市南)，迅速攻克，并派輕騎兵燒毀成都市橋，懾于漢軍威猛之勢，武陽以東的小城紛紛投降。

　　光武帝下詔告誡吳漢：“成都十余萬觽，不可輕也。但堅據(jù)廣都，待其來攻，勿與爭鋒。若不敢來，公轉營迫之，須其力疲，乃可擊也”(《后漢書·吳漢列傳》)。

　　吳漢接連獲勝，并未聽從光武帝的告誡，竟乘勝自率步騎兵二萬余人進逼成都。當進至距成都十余里處，于江水北岸扎營，并于江上架設浮橋，派副將劉尚率兵萬余人屯駐于江水南岸，南北兩營地相距二十余里。光武帝得知吳漢如此部署兵力，大驚，下詔書責備：“比□公千條萬端，何意臨事勃亂！既輕敵深入，又與尚別營，事有緩急，不復相及。賊若出兵綴公，以大觽攻尚，尚破，公即敗矣。幸無它者，急引兵還廣都”(《后漢書·吳漢列傳》)。

　　然詔書未到，公孫述已派其將謝豐、袁吉率兵十余萬人，分為二十多營進攻吳漢。又派將率兵萬余人襲劫劉尚營寨，企圖使?jié)h軍不得相救。

　　吳漢率軍與敵大戰(zhàn)一天，兵敗而退回營壘，謝豐乘勢包圍了吳漢軍。吳漢見形勢危急，召集眾將激勵他們說：“吾共諸君逾越險阻，轉戰(zhàn)千里，所在斬獲，遂深入敵地，至其城下。而今與劉尚二處受圍，埶既不接，其禍難量。欲潛師就尚于江南，并兵 御之。若能同心一力，人自為戰(zhàn)，大功可立；如其不然，敗必無余。成敗之機，在此一舉”(《后漢書·吳漢列傳》)。眾將應諾。

　　于是，吳漢饗士秣馬，閉營三日不出，并在營內(nèi)遍插旌旗，使煙火不絕，以迷惑蜀軍。第三天夜里，率軍潛出城圍銜枚疾走，過江與劉尚部會合。謝豐等人竟然沒有發(fā)覺。

　　第二天，謝豐仍分兵一部抵御江北漢軍，自率主力進攻江南漢軍。吳漢親自指揮全軍力戰(zhàn)，從早到晚，終于大敗敵軍，斬殺敵將謝豐、袁吉。于是，吳漢乘勝率軍還守廣都，留下劉尚所部繼續(xù)抵御公孫述，并把有關戰(zhàn)況寫成奏狀上報光武帝，而且深切痛責自己的過失。

　　光武帝閱后批復道：“公還廣都，甚得其宜，述必不敢略尚而擊公也。若先攻尚，公從廣都五十里悉步騎赴之，適當值其危困，破之必矣”(《后漢書·吳漢列傳》)。

　　此后，吳漢率軍同公孫述軍交戰(zhàn)于廣都至成都之間，前后八戰(zhàn)八捷，并進駐于成都外城。公孫述請計于延岑，延岑說：“男兒當死中求生，可坐窮乎！財物易聚耳，不宜有愛”(《后漢書·公孫述列傳》)。公孫述乃聽從延岑之計，拿出國庫中全部財貨珍奇，招募了五千名敢死之士，交給延岑率領。

　　延岑在成都市橋假設旗幟，鳴鼓挑戰(zhàn)，暗地里卻派遣奇兵，繞到背后，襲擊漢軍。倉猝中，吳漢墮入水中，僥幸拽住馬尾，好不容易才爬上水來。此役吳漢受挫嚴重，且軍中糧草不支，想暫時撤除成都之圍。蜀郡太守張堪料定公孫述必敗，勸他不要撤兵，吳漢從之。

　　十一月，臧宮進軍成都西北面的咸門。公孫述占卜，說“虜死城下”，大喜，以為這兆頭應在吳漢等人身上。于是親率數(shù)萬人出城與吳漢大戰(zhàn)，派延岑抵擋臧宮。雙方激戰(zhàn)。延岑率部三戰(zhàn)三勝，占著上風。公孫述率兵從早上戰(zhàn)到中午，軍隊吃不上飯，疲困不堪。吳漢派護軍高午、唐邯率領數(shù)萬精銳部隊迎擊公孫述。公孫述兵敗逃走，高午奮勇追擊，沖進敵陣揮槍猛刺，刺穿公孫述胸部，公孫述墜馬，手下人將其抬回城去。他將兵權交給延岑執(zhí)掌，當夜死去。第二天，延岑見大勢已去，舉城投降，吳漢斬公孫述首級傳送洛陽，蜀地遂平。

　　建武十二年(36年)正月，吳漢率軍浮江而下。至宛城，光武帝下詔令其過家上頉，并賜谷二萬斛。

　　建武十五年(39年)，吳漢率揚武將軍馬成﹑捕虜將軍馬武北擊匈奴，遷徙雁門﹑代郡﹑上谷吏人六萬余口，置于居庸﹑常山關以東。

　　建武十八年(42年)，蜀郡守將史歆在成都叛漢，自稱大司馬，攻太守張穆，張穆爬城逃廣都。同時宕渠楊偉﹑朐□徐容等人也各起兵數(shù)千人相應。光武帝因史歆為岑彭護軍，曉習兵事，所以派吳漢率劉尚及太中大夫臧宮等萬余人共同征討。吳漢入武都，調(diào)發(fā)廣漢、巴、蜀三郡兵眾圍攻成都。百余日城破，吳漢誅殺史歆等人。然后乘桴沿江下巴郡，楊偉﹑徐容等人惶恐解散，吳漢誅其首領二百余人，遷其眾與數(shù)百家到南郡﹑長沙，然后率軍回京。

　　吳漢性強力，每次隨光武帝征戰(zhàn)，光武帝不休息，吳漢常常側足而立。不少將領一見戰(zhàn)陣失利就垂頭喪氣，惶怵不安，平日的風度威嚴全失。吳漢卻不然，每到這時，他整厲戰(zhàn)械，激揚士卒，不但毫不氣餒，反而愈加意氣風發(fā)。一次危難之際，光武帝派人去看吳漢，想了解他在干什么。回報說，大司馬(吳漢)正在修治攻戰(zhàn)之具。光武帝深有感慨，說：“吳公差強人意，隱若一敵國矣”(《后漢書·吳漢列傳》)!由于他遇變不驚，沉穩(wěn)有力，所以往往能轉敗為勝，轉危為安。圍攻廣樂，他裹傷勉士，失利成都，他閉營礪兵，都是很好的化險為夷的戰(zhàn)例。

　　每次出兵，吳漢早上接受命令，晚上就可上路，根本不用什么整頓準備的時間；在朝廷任職，樸訥謹慎，形于體貌。他出征時，妻子在后方買了一些田產(chǎn)，待他歸來，卻都送給了故舊親友。他說：“軍師在外，吏士不足，何多買田宅乎”(《后漢書·吳漢列傳》)！

　　吳漢在建武年間，居于高位，常受倚重，與他沉穩(wěn)不驚、強力謹質(zhì)的個性很有關系。

　　吳漢性格中，還存在著鷙狠殘忍的一面。吳漢經(jīng)常放縱部下劫掠鄉(xiāng)里，鄧奉叛漢，就由他的故鄉(xiāng)新野被吳漢部眾劫掠騷擾而起。公孫述死，延岑出降，吳漢居然殺死公孫述的妻子兒女，滅盡他的家族，把延岑也滅了族。并且，任憑士卒大肆掠虜，焚燒宮室，摧殘人民。史載，光武帝聽到消息，勃然大怒，嚴厲地譴責了他。光武帝還下詔切責吳漢的副將劉尚，詔書說：“城降之日，吏人從