隊政治部主任戴季英的矛盾也日益公開化。

    1939 年4 月1 8 日，中共中央中原局代理書記朱理治在向中央書記處的報告中提出了處理高敬亭問題的上中下三策： 1 、推動他到延安學習或擇地養病為上策； 2 、委以江北指揮部副指揮名義，部隊交由其他同志帶為中策； 3 、撤消其職務為下策。 4 月 27 日，新四軍軍長葉挺、軍政治部副主部隊由戴季英、林維先率領繼續東進。

    正當高敬亭率軍從大別山開向抗白戰場 并連戰連捷時，卻發現國民黨桂系的第五路軍正源源不斷地開向大別山。高敬亭立即致電軍部，要求在大別山建立根據地。     

    而此時的王明卻由左傾變成右傾投降主義，提出“一切經過統一戰線”“一切服從統一戰線”，他所領導的長江局卻派出大批黨員干部和革命青年幫助桂系軍隊改造基層組織，訓練鄉、保長，建立保甲制度，提出“幫助五路軍在大別山建立根據地”的口號。高敬亭當然對此產生抵觸情緒。

    高敬亭參加革命后，由于長期處在惡劣的戰爭環境中，他沒有條件學習和掌握必要的馬克思主義理論，卻受到 張國煮極力 鼓吹和推行的極左路線的影響。在 3 年游擊戰爭中，他領導的紅二十八 軍失去 同上級黨組織聯系后，沒有建立起集體領導制度。因此，他在領導部隊堅持斗爭并 作出 重要貢獻的同時，卻也產生了某些錯誤傾向，這同他身上存在的歷史局限性是具有很大關系的。

    在延安，毛澤東派出曾在高敬亭手下工作過的鄭位三、程啟文、張體學到高敬亭的部隊工作，毛澤東叮囑鄭位三等人：“  你們見到高敬亭之后，切記不要唱高調，對部隊中存在的問題要讓他們自己去認識和總結。千萬不要用延安批判張國熹那一套去套他們，各地有各地的情況，不能用一個模式去套，你們明白我的意思嗎？” 1937 年 9 月，鄭位三一行來到七里坪，鄭位三在歡迎大會上，代表黨中央、毛澤東向紅二十八軍和鄂豫皖邊區的人民群眾表示敬意和親切的問候，祝賀他們堅持 3 年游擊戰爭取得的輝煌勝利，并報告了八路軍在平型關消滅日軍 1000 余人的勝利消息，傳達了黨中央關于紅二十八軍將要改編，并 東進皖中 、皖 東創建 敵后抗日根據地的指示，號召全軍指戰員繼續發揚革命傳統，隨時準備開赴抗日前線。

    高敬亭的厄運。最嚴重的錯誤是，5 月 10 日，葉挺一行抵達舒城西港沖四支隊留守處，當晚即召開支隊連以上干部參加的軍事會議。會上全體與會人員一致表示堅決執行中央和軍部的東進命令。高敬亭也被迫舉手同意。但會后，他遲遲 不 下達東進的命令。葉挺憤怒了，這位北伐名將素以治軍甚嚴著稱，高敬亭竟然不聽指揮，讓他怒發沖冠呢？葉挺以江北指揮部的名義直接命令第七團、第九團東進。此時，高敬亭卻寫信命令七、九團停止前進，公然抗命。九團團長詹化雨和團政委胡繼亭抵制了高敬亭的錯誤命令，并及時向江北指揮部匯報。而就在此刻，第七團團長楊克志、副團長曹玉福在率部攻打漢奸武裝周家老屋后將所繳獲的錢財據為己有，并于 5 月 20 日，攜 20 余人叛逃投降了國民黨。楊、曹是高敬亭一手提拔起來的，所以，支隊部曾研究過處理他們，并委托高敬亭親自去做工作，但高敬亭遲遲未去。

    楊、曹叛逃，引起了各方面對高敬亭的不滿。項英立即來電，要葉挺開展“反楊、曹斗爭”。在戴季英等人主持的“反楊、曹”斗爭中，揭發出高敬亭的一些問題。項英當機立斷，在部隊中開展了 6 月 4 日，葉挺來到安徽省肥東青龍場，派四支隊第八團團長周駿鳴去舒城 縣西港沖傳達 命令，要高敬亭速率教導大隊（原手槍團）赴下墉集地區。高敬亭稍做安排，即辭別愛妻史玉清和生下才 9 個 月的女兒，率部趕到軍首長指定地區。

    當高敬亭到達青龍場時，周駿鳴說軍長在褚家老屋等候。高敬亭得知此情，急忙帶著 3 名警衛員趕到褚家老屋，他一進門，就被葉挺的副官黃序廷帶人逮捕起來了。 高敬亭被搞得莫名其妙， 問，“我犯了什么借誤？你們為什么將我 抓起來？從此 ，高敬亭失去了自由，天天接受審訊。在“反高斗爭”中，高敬亭除了承認過去“肅反”有擴大化的傾向外，拒絕承認強加在他頭上的其他罪名。對于戴季英等人給他的殘酷斗爭和無情打擊，他持抗議態度，認為是打擊報復，公報私仇。這也許正是他的悲哀之處，沒有人為他說公道話，沒有人將他的思想錯誤與“反革命”的帽子區分開。因為人人都目睹過高敬亭的驕傲自大的作風。 6 月 15 日，中共中央書記處發來電報，決定撤消高敬亭四支隊司令員的職務。此后，對高敬亭的斗爭更加殘酷，甚至嚴刑拷打，但他始終沒有低頭認罪。他意識到自己已經兇多吉少，他更加思念愛妻幼女，在給史玉清的訣別信中，為革命尚未勝利自己卻屈死在自己人的刀下深感痛悔，眷戀革命生涯 ，并囑咐史玉清：“孩子你能帶則帶， 不能帶就托付給老百姓…… ”

    6 月 20 日，項英以“反革命、反黨、反中央”等罪名，分別向中共中央和國民黨軍事當局發出要槍決高敬亭的電報。同時，國民黨戰區司令廖磊也向蔣介石誣告四支隊“在皖省橫行騷擾”、“鬧獨立”、“游而 不 擊”等 7 條“罪狀”。

    在延安的毛澤東接到項英的電報痛心得久久說不出話來，他最擔心的事情終于發生了。高敬亭固然有錯誤，但他畢竟是對中國革命做出過重大貢獻，畢竟是共產黨的高級干部，而且現在大敵當前，用人之際，豈可草率行事！毛澤東坐在那里，足足抽了兩三支煙，才在回電中寫到：“爭取教育改造四支隊，對高敬亭采取一些過渡辦法，利用目前機會由軍部派遣一些得力干部去四支隊工作，以幫助四支隊之改造與整理。”然而，中共中央的電報已經遲了。高敬亭的人頭已經落地！

    尾聲6月24日上午8時，將高敬亭槍殺在青龍場。高敬亭死前提出最后的要求：“我是共產黨員，要死在紅地毯上。”他的要求未能獲準。時年，高敬亭年僅32歲。
 
    高敬亭被錯誤殺害后，四支隊被支解為幾個部隊，有2000多戰士認為革命無望而脫離隊伍。高敬亭的親屬受到極不人道的虐待，女兒剛10個月被送給一戶農民撫養，后被餓死，高敬亭臨死之前給妻子史玉清留信一封：“玉清同志，我覺得革命才有出路。已決定我明日上午八時處以死刑......。”
       
    高敬亭槍殺后，史玉清被開除黨籍，逮捕入獄，在獄中生下小女兒高鳳英。
      
    高敬亭被殺不久，毛澤東氣憤地發電報質問葉挺、鄧子恢等人：“我們讓高敬亭回延安，你們為什么殺他?速查清原因報中央。”同年11月，周恩來、劉少奇到達新四軍江北指揮部，質問有關人員：“高敬亭招革命的兵，買革命的馬，有什么不好?我們開辟的根據地為什么要讓給國民黨。離開大別山， 我們沒有根據地。”1943年，參與殺害高敬亭的周駿鳴到延安中央黨校